21 мая 1536 Гийом Фарель с таким пылом проповедует в Женеве, что ее жители с поднятыми вверх руками клятвенно обещают «жить по святому евангельскому закону и слову Божьему, как было объявлено», а также выражают желание навсегда отказаться «от месс, икон, идолов и всего, что может к этому относиться», «жить в мире и подчиняться справедливости», а также открыть школу для детей бедняков и дать им образование.
Швейцария стала одним из главных оплотов Реформации, причем центр движения постепенно сместился из Немецкой Швейцарии во Французскую — из Цюриха в Женеву. Здесь его возглавил Гийом Фарель, эмигрировавший из Франции ещё в начале 20-х годов из-за своих взглядов. В Швейцарии Фарель активно занимался реформаторской деятельностью, помогая Цвингли. В 1532 году он проповедовал в Женеве и привлёк своей проповедью множество сторонников. Тогда католики предложили ему диспут, на котором правда дело дошло до драки, и Фарель был вынужден удалиться из города.
Власти Берна, который оказывал Женеве военную помощь, помогли Фарелю вернуться в Женеву четыре года спустя, и в 1536 году, после пламенных проповедей Фареля, городской совет Женевы принял решение об установлении в городе реформированного богослужения. Однако Фарель чувствовал, что ему не хватает способностей встать во главе движения. Летом того же 1536 года через Женеву по дороге в Германию проезжал Жан Кальвин. Уже знакомый с его «Institutio religionis christianae», Фарель сразу оценил его и как организатора и упросил остаться в Женеве.
Фарель был миссионером по призванию, но плохим руководителем и сам сознавал это. Зато неутомимость в трудах, редкое мужество, энергия и настойчивость во многом помогли утверждению кальвинизма.