3 декабря 1557 представители шотландского дворянства заключили в Эдинбурге союз, целью которого было распространение в стране Реформации. Подписание этой декларации положило также начало созданию пресвитерианской церкви.
Пресвитерианство зародилось в Шотландии в период протестантской революции 1559—1560 годов и его возникновение связано с деятельностью Джона Нокса, радикального протестанта и ученика Жана Кальвина. Победа протестантов в 1560 году позволила им приступить к созданию новой церковной организации, основанной на отказе от необходимости посредничества духовенства в отношениях человека с Богом. Доктрина пресвитерианства («пресвитерианский символ веры») была утверждена в 1560 году шотландским парламентом и была кальвинистской по сути. В соответствии с ней были созданы пресвитерии с системой представительного управления Церковью по типу того, как Церковь была организована в Швейцарии. Примечательно, что в результате Реформации в Шотландии было отменено Рождество.
Борьба между адептами «чистого пресвитерианства» и сторонниками сохранения епископального устройства велась на протяжении конца XVI—первой половины XVII веков и завершилась только после Английской революции. Акт о веротерпимости 1690 года утвердил пресвитерианство в качестве государственной религии Шотландии. В настоящее время крупнейшая шотландская пресвитерианская организация носит название Церковь Шотландии и насчитывает более 1 миллиона членов.