9 июня 1946 г. Японские христиане на генеральной ассамблее Объединенной Церкви Христа в Японии заявили о своем покаянии за Вторую мировую войну. Они обещали, взяв свой крест, проповедовать Евангелие Иисуса Христа на островах архипелага, а также помогать тем, кто после войны страдает от голода и нищеты.
В покаянном письме, в частности, было сказано: «Теперь мы по-настоящему осознали ошибки, которые мы, как церковь, совершили в военные годы. Поэтому мы ищем милосердия нашего Господа и прощения наших ближних … Наша страна совершила грех, и мы, как церковь, впали в тот же грех. Мы пренебрегли выполнением нашей миссии «стража» и теперь с глубокой болью в сердце просим у Господа прощения. Мы также ищем прощения у всех народов, особенно в Азии, и их церквей, а также наших братьев и сестер во Христе по всему миру и прощения народа нашей собственной страны».
После войны в Японии начался настоящий «христианский бум», во время которого в церковь пришло много японцев. Рост, однако, приостановился, после того как союзные войска покинули Японию. Крупнейшим направлением христианства в этой стране является протестантизм.
Хотя доля христиан в Японии не превышает 1 %, в современной японской истории было восемь премьер-министров, исповедующих христианство.